Três anos se passaram após a batalha contra Freeza, os guerreiros Z treinavam bastante para a chegada dos dois seres poderosos os quais Trunks tinha mencionado quando veio do Futuro.
Então o grande dia chega e todos os guerreiros vão ao encontro dos Andróides na cidade onde Trunks disse que eles surgiriam, somente Vegeta não se encontra com os outros, chegando lá os guerreiros encontram Bulma com um bebê que no caso era o Trunks do presente.
Os dois andróides surgem causando muita destruição e morte nessa cidade e a luta então começa. Goku passa mal do coração e é levado por Yancha para se tratar, nesse momento chega Vegeta que derrota facilmente o Andróide 19. Então sobra o Andróide 20 o qual eles descobrem ser o Dr. Maki Gero que trabalhou como cientista na RR (Patrulha Vermelha) Exército que queria dominar o mundo em Dragon Ball.
A batalha fica difícil para o andróide que mesmo com o poder de absorver energia com as mãos se sente acuado pelos guerreiros. Nesse momento chega Trunks que revela aos guerreiros que aquele não era o Andróide que ele mencionou a três anos. Todos ficam chocados com a notícia então o andróide 20 foge e desperta os Andróides 17 e 18 que por sua vez acabam assassinando o andróide 20 que os criou e em seguida os dois andróides despertam o andróide 16.
Vegeta, Trunks e os outros guerreiros lutam contra os andróides 17 e 18 e perdem a luta facilmente.
Então por esses andróides só terem como objetivo matar Goku eles deixam os guerreiros se recuperarem e vão atrás de Goku que está na casa de Chi Chi se recuperando da doença com o remédio que Trunks lhe deu.
Descobre-se então que uma máquina do tempo igual a de Trunks chegou à Terra a muito tempo e dela saiu uma criatura que agora está se desenvolvendo assassinando pessoas por todo o mundo, essa criatura se chama Cell que também foi criado no futuro pelo Dr. Maki.
Então Goku se recupera e Picollo se funde com Kami Sama para lutar contra a criatura, mas Cell é inteligente e consegue fugir antes que Picollo o derrotasse.
Goku, Gohan, Trunks, Vegeta e Picollo vão treinar no Templo Sagrado de Kami Sama, lá eles treinam em uma sala especial na qual se passa um ano dentro dela enquanto de fora se passa apenas um dia. Os primeiros a entrarem são Vegeta e Trunks.
Enquanto isso na Terra Picollo luta contra o andróide 17, ambos tem a mesma força já que Picollo se fundiu com Kami Sama. Cell sente o ki de Picollo e segue em direção a ele para poder absorver os andróides 17 e 18 para que possa se tornar um ser perfeito. Cell agora está muito mais forte pois absorveu centenas de milhares de pessoas. Então rapidamente Cell chega ao local da luta e derrota facilmente Picollo e o andróide 17, a nº 18 também seria alvo fácil para Cell já que ela tem aproximadamente a mesma força que o nº 17, mas o andróide nº 16 que até então ainda não tinha lutado revela ser muito mais poderoso que os outros andróides e ele sim consegue lutar de igual para igual com Cell. Porém Cell é astuto e antes que fosse vencido pelo nº 16 ele consegue absorver o andróide nº 17. Agora Cell está muito mais poderoso e com poderes quase inalcançáveis, rapidamente com um único golpe Cell derruba o andróide nº 16, em seguida derruba Picollo que caí no mar. Quando Cell está prestes a absorver a andróide 18 chega Tenshinhan que consegue destrair Cell para que com a ajuda do nº 16 a andróide 18 pudesse fugir.
Depois de alguns minutos Tenshinhan não consegue mais atacar Cell e cai, quando Cell está prestes a mata-lo Goku se teletransporta do Templo e salva Tenshinhan e Picollo que ainda estava vivo. Antes que Cell pudesse atacá-lo Goku volta com o Teletransporte para o Templo.
Cell agora está obcecado em encontrar a nº 18 para que ele possa se tornar um ser perfeito. Então Cell sobrevoa o oceano e não consegue encontrar a nº18, a única solução que Cell encontra é destruir ilha por ilha até que a andróide apareça e é isso que ele faz, em questão de instantes todo o arquipélago de ilhas é destruído e levando - se em conta que nessas ilhas existiam cidades com milhares de habitantes. Por fim restava apenas uma ilha e era lá que se escondia a nº 18. Antes que Cell a encontra-se, Vegeta e Trunks terminavam seu treinamento na sala do Templo. Em instantes Vegeta e Trunks chegaram ao local onde Cell estava.
Vegeta e Cell começam a lutar mas depois do Treinamento Vegeta está com poderes incríveis os quais humilham Cell, com a batalha ganha Vegeta diz a Cell que agora ele se intitula o SUPER VEGETA. Cell desesperado pede que Vegeta deixe que ele absorva a nº 18 para que eles possam lutar novamente e Vegeta com sua fome por batalhas aceita o pedido de Cell. Então finalmente Cell consegue encontrar a nº 18 mas Trunks o impede de absorve-la já que Trunks está tão ou mais poderoso do que Vegeta.
Enquanto isso Bulma tinha criado um controle que poderia fazer com que os andróides entrassem em estado de hibernação (a mesma coisa de desligar uma máquina), Kuririn chega até a andróide com o controle que poderia para-la assim ele poderia destruí-la e Cell não conseguiria absorve-la mas Kuririn tinha se apaixonado pela nº 18 e acabou destruindo o controle. Assim só restava a Trunks impedir Cell de absrove-la mas Vegeta começou a lutar contra Trunks e Cell ficou com o caminho livre.
Em meia tanta confusão Trunks nocauteou Vegeta e foi em direção a Cell que voou ao rumo do Sol e usou o Taioken para cegar a todos por alguns instantes até que ele conseguisse absorver a andróide.
Cell finalmente consegue absorver a andróide nº 18 e se torna um ser perfeito. Vegeta se recupera do ataque de Trunks e volta ao campo de batalha. Kuririn revoltado com Cell o ataque furiosamente, mas Cell com um único golpe quebra todos os ossos de Kuririn, antes que Kuririn morresse Trunks lhe deu uma semente dos deuses.
Vegeta volta a lutar contra Cell, mas agora a situação é diferente pois Cell está muito mais forte do que Vegeta. Uma luta impressionante se desenrrola entre os dois mas humilhantemente Cell consegue vencer Vegeta e em seguida luta com Trunks mas o resultado se repete Trunks também perde a batalha. Cell percebendo como é grande o seu poder resolve então fazer um torneio que se iniciaria em dez dias no qual qualquer lutador que achasse que podia derrotá-lo poderia participar. Então Cell deixa o campo de batalha e vai arrumar tudo para o torneio, enquanto isso Trunks avisa a todos os guerreiros sobre o torneio.
Goku e Gohan começam a treinar na sala do Templo, o treinamento é intenso e Gohan caí inúmeras vezes, até que ele finalmente consegue se transformar em Super Sayajin e se torna um ótimo oponente para Goku, um ano se passa dentro da sala do Templo e apenas um dia de fora dela. Goku e Gohan saem da sala com a aparência de Super Sayajins e explicam que isso os ajudaria a concentrar e equilibrar todo o poder que agora possuíam. Em seguida Picollo entra na sala para treinar e depois Vegeta e por final Trunks.
Goku ainda tem problemas a resolver já que Picollo se fundiu com Kami Sama as Esferas do Dragão deixaram de existir, então Goku se tele transporta até o novo Planeta Namekusei e lá encontra Dendê e o leva para Terra para que ele se torne o novo Kami Sama. Dendê cria novas Esferas do Dragão.
Dez dias se passaram e o Torneio finalmente começa, mas um terráqueo chamado Sr. Satan o qual era conhecido como o homem mais poderoso do planeta luta contra Cell que o arremessa fora da plataforma com um único golpe.
Agora sim o verdadeiro torneio começa Goku luta contra Cell e uma luta incrivelmente espetacular se inicia entre ambos. Cell usa abilidades de todos os amigos de Goku para derrota-lo mas todas em vão, até mesmo a técnica de Freeza, Cell utiliza mas Goku explica que já conhece todas por isso Cell não conseguiria atingi-lo, foi então que Cell surpreende Goku com um poderoso Kame Hame Há. A luta fica cada vez mais difícil para ambos até que Cell resolve destruir a plataforma e mudar as regras do torneio. Agora tanto Cell quanto Goku lutam com todas as forças e por uma pequena diferença Goku perde a luta, na verdade ele se rende para que Gohan possa lutar. Todos ficam sem intender mas Goku explica que o único que conseguiria derrotar Cell seria Gohan.
Gohan frente a frente com Cell diz a ele que não gosta de lutas e Cell começa a golpear Gohan violentamente, quando Cell percebe que Gohan não vai mesmo lutar, Cell cria várias criaturas semelhantes a ele chamadas Cells Jrs. Cell manda que essas criaturas matem todos os guerreiros Z para que Gohan se irrite e expulse todo o seu poder oculto.
Todos os guerreiros são violentamente atacados e ficam gravemente feridos. Então o andróide nº 16 interfere na luta e é assassinado por Cell, antes de morrer o andróide deixa uma mensagem para Gohan.
Gohan então se enfurece e revela todo o seu poder oculto se transformando assim no Super Sayajin 2.
O poder de Gohan surpreende a todos ninguém nunca sentíra tamanho poder antes a não ser Goku quando treinou com Gohan. Um a um Gohan mata a todos os Cells Jrs.
(Detalhe: Gohan os mata com apenas um único golpe em cada um.)
Cell fica furioso e ataca Gohan, mas seus ataques são em vão, já que Gohan está com poderes ilimitados.
Gohan então começa a golpear Cell que fica gravemente ferido. Cell é humilhado por Gohan e em meio a batalha Cell acaba vomitando a andróide 18 já que seu corpo que se encontrava muito machucado não conseguia continuar perfeito. Gohan já tinha a vitória ganha, mas Cell usa o restante de suas forças e começa a inchar como um balão, seu plano era se alto destruir e explodir a todo o sistema solar. Goku então se teleporta com Cell para o planeta do Sr Kaio, lá Cell explode e todos morrem inclusive Goku.
Aqui na Terra a tristeza toma conta de todos, mas o pesadelo ainda não acabou.
Cell volta já que podia se reconstituir e agora ele volta com o corpo perfeito e ainda mais forte do que antes, podendo também fazer o tele transporte. Rapidamente Cell mata Trunks e golpeia Vegeta, Gohan interfere e acaba ficando com um de seus braços gravemente ferido. Cell agora está praticamente com a batalha ganha.
Cell lança um Kame Hame Há em Gohan que tem muita dificuldade de revidar tamanho poder.
O espírito de Goku interfere e ajuda Gohan, todos os guerreiros começam a atacar Cell e Gohan começa a ganhar, mas Cell tem um poder muito grande e aumenta mais ainda a energia do Kame Hame Há. Finalmente Vegeta desfere um ataque a Cell que o desequilibra por um instante. Gohan então aproveita o momento e usa todo o seu poder e assim finalmente Gohan consegue derrotar Cell.
A batalha termina e todos os guerreiros vão para o Templo de Kami Sama. Lá Dendê cura Gohan, Vegeta, os outros guerreiros e a nº 18 que ainda estava viva. Dendê também usa as Esferas do Dragão para ressuscitar Trunks.
Por fim só restava ressuscitar Goku, mas para isso eles precisariam ir a Namekusei.
Goku com a ajuda do Sr. Kaio se comunica telepaticamente com os guerreiros e diz que não quer ser ressuscitado, pois ele irá treinar no outro mundo com outros guerreiros também muito poderosos. Todos respeitam a vontade de Goku.
Depois da batalha todos os guerreiros descansam e Trunks se despede de todos e volta para o futuro, lá ele conta a sua mãe tudo o que aconteceu e também derrota facilmente os andróides 17 e 18. Por fim Trunks teve sua vingança mas nem tudo estava acabado, algum tempo depois ainda no futuro Cell aparece com sua primeira aparência para tomar a nave de Trunks e vir ao passado para absorver os andróides, mas Trunks tendo o conhecimento dos fatos impede que isso acontece e mata também facilmente Cell.
Por fim tudo termina e mais um final feliz se presencia.
No outro mundo Goku participa de um torneio no qual enfrenta adversários de diferentes galáxias, por fim resta somente Goku e Paikunham. Ambos perdem a batalha já que saíram da plataforma mas por fim Goku teria ganhado se não fosse esse pequeno detalhe. Assim termina mais uma saga e agora se é que é possível desafios maiores aguardam aos Guerreiros Z.